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國土生態綠網計畫針對洄游性生物棲地需要河海相連的特性，經由「候選關注獨流溪」篩選工作，共得到224條候選之溪流，因部分小型溪流集水區面積過小或土地利用現況與圖資有所出入而未能被涵蓋，以及部分潛在需關注之中大型溪流，其入海河段之河流級序高於上述設定，因此另依據相關文獻或訪談，補充納入25條候選獨立溪流，總共249條候選溪流進行第二階段篩選。 針對候選之249條溪流，再指認其為洄游性生物重要溪流廊道：1.有常流水；2.兩側河岸及/或河床沒有被水泥大面積覆蓋；3.沒有難以跨越的材質或結構之固床工或攔沙壩；4.已知有20種(含)以上的洄游性生物分布；5.已知有保育類、紅皮書受威脅、具特殊性(如新紀錄種或資料不足者)，或雖數量尚屬普遍，但分布侷限於少數水系的稀有物種5種(含)以上；6.面臨獵捕壓力而需特別予以關注；7.具特殊棲地型態。 最後得到共56條綠網重要獨流溪。