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中研院植物標本館主要蒐藏台灣（含附屬島嶼）及東亞維管束植物。特殊的蒐藏有菊科、秋海棠科、鴨跖草科、珍珠菜屬（報春花科）、細辛屬（馬兜鈴科）、魔芋屬（天南星科）、茜草科、地錦屬（大戟科）及茶科。協助植物學研究者追蹤本土植物分布與進行分類研究。