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本公司於民國92年進行組織變革，改為事業部制，目前轄管小港煉糖廠及虎尾、善化二座自產糖廠。 自產糖廠簡介如下： 善化糖廠：農場部份：農場管轄岸內原料課與善化原料課及南靖原料課，本廠合計適蔗面積5,834公頃。原料甘蔗產量26萬5千噸。 砂糖生產：製糖工場以石灰法製造本土二砂，日壓原料量2,900公噸。年生產糖量約2萬餘公噸。 虎尾糖廠：農場部份:本廠農場管轄虎尾原料課（包括大林、斗六、東勢、台西、溪湖原料區及虎尾、大有、馬光、龍岩、麻園、溝子壩農場）與溪湖原料課（包括大排沙、萬興、永安、二林農場）與北港原料課（包括北港、港美、水林、新港原料區及番仔溝、下寮、大湖等農場〉，合計適蔗面積5,803公頃。原料生產蔗量30萬4千公噸（包含自、約耕）。 砂糖生產： 本廠以石灰法生產本土二砂，日壓榨原料量3,100公噸，年生產糖量2萬餘公噸。