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自黑嘴端鳳頭燕鷗在馬祖被發現已 20 餘年，無論是國內或國際對此物種的關注程度也與日俱增。本計畫旨在盤點黑嘴端鳳頭燕鷗相關研究資訊與遭遇之威脅壓力，訂定我國保育行動策略，以利執行此珍稀物種的保育行動，確保此珍稀物種得以順利繁衍。